ปัจจุบัน เรือดำน้ำแบบ 039A สามารถแบ่งออกเป็นทั้งหมด 4 รุ่น คือ

• แบบ 039A: เป็นเรือดำน้ำแบบแรกของชั้นหยวน ข้อแตกต่างที่เด่นที่สุดเมื่อเปรียบเทียบกับเรือดำน้ำรุ่นก่อนหน้าอย่าง แบบ 039 ก็คือลักษณะของหอบังคับการ หอบังคับการของ 039A นั้นมีลักษณะคล้ายกับแบบ 039G แต่ตัดครีบตรงส่วนหลังหอบังคับการออกไป ซึ่งครีบนี้มีอยู่ทั้งในแบบ 039 และแบบ 039G

• แบบ 039AG: เป็นแบบที่สองของชั้นหยวน นอกเหนือไปจากการปรับปรุงและพัฒนาส่วนย่อยแล้ว ข้อแตกต่างที่เด่นชัดเมื่อเปรียบเทียบกับแบบ 039A แบบแรกก็คือลักษณะของหอบังคับการที่มีลักษณะโค้งเว้ากว่าแบบเดิม และบริเวณตรงกลางของส่วนโค้งของหอบังคับการนั้นมีส่วนนูนขึ้นมาซึ่งภายในมีเซนเซอร์บางชนิดติดตั้งอยู่ ซึ่ง 039A แบบแรกนั้นไม่มี [3]

• แบบ 039B: เป็นแบบที่สามของชั้นหยวน ตัวเรือมีโครงสร้างเหมือนกับแบบก่อนหน้า 039AG ข้อแตกต่างที่เด่นที่สุดระหว่าง 039B กับ 039AG นั้นก็คือ แบบ 039B ได้รวมเอาแผงโซนาร์ด้านข้างไปติดตั้งที่ส่วนของใต้ท้องเรือแทน[3] และด้วยการที่ตัวเรือใช้โครงสร้างแบบเดียวกับ 039AG ทำให้เชื่อกันว่า ปัจจุบันกองทัพเรือจีนได้ทำการปรับปรุงแบบ 039AG ทั้งหมดขึ้นมาเป็นแบบ 039B แล้ว

• แบบ 039C: เป็นแบบที่สี่ของชั้นหยวน เปิดตัวครั้งแรกในเดือนธันวาคม 2013 มีการเปลี่ยนแปลงลักษณะตัวเรือและการออกแบบหอบังคับการใหม่ [3] อย่างไรก็ตาม เรือดำน้ำลำใหม่ที่ปล่อยลงน้ำในเดือนเมษายน 2014 นั้นไม่มีส่วนนูนหน้าหอบังคับการที่เชื่อว่าเป็นเซนเซอร์บางชนิดที่เคยปรากฏในแบบ 039B แต่กลับมีเส้นสีขาวยาวๆสามเส้นบริเวณขอบข้างด้านบนของหอบังคับการขึ้นมาแทน ซึ่งอาจเป็นเซนเซอร์ที่ถูกออกแบบใหม่ให้กลมกลืนไปกับตัวเรือ[3]